Clima în Santorini este tipic mediteraneană, cu veri călduroase şi uscate şi ierni scurte, blânde şi cu precipitaţii slabe. Practic, exista doar două anotimpuri. Din luna iunie până în luna octombrie, clima din insula Santorini este potrivită unui sejur de vis, temperatura apei fiind în jur de 25 grade C. În special în luna august vântul dominant, Maltemi, face temperaturile din timpul zilei deosebit de plăcute. Sezonul rece, cu ploi slabe, ţine din noiembrie până în martie. Temperaturile în lunile de iarnă sunt în jur de 12 grade C.
| Ian | Feb | Mar | Apr | Mai | Iun | Iul | Aug | Sep | Oct | Noi | Dec | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Temperatura Maxima (°C) | 14 | 14 | 16 | 18 | 23 | 27 | 29 | 29 | 26 | 23 | 19 | 15 |
| Temperatura Minima (°C) | 10 | 10 | 11 | 13 | 17 | 21 | 23 | 23 | 21 | 18 | 14 | 11 |
| Temperatura apei (°C) | 16 | 16 | 16 | 17 | 19 | 22 | 24 | 25 | 24 | 23 | 20 | 18 |
| Precipitatii (nr. zile) | 10 | 9 | 7 | 4 | 3 | 0 | 1 | 0 | 2 | 4 | 8 | 11 |